さらに江戸時代後期には、光崎検校、吉沢検校らによって箏曲は一段と発展する。これまでリードを続けてきた地歌は、すでにこれ以上進みようがないほど音楽的に頂点に達し、音楽家たちは新たな展開を箏や胡弓に求めることとなった。こうして、実に久しぶりに、地歌から離れた箏曲が再び作られ始める。光崎検校は古い箏曲を見直し、組歌と段物を組み合わせた「秋風の曲」や、複雑精緻な高低二重奏曲である「五段砧」を作曲した。また吉沢検校は、雅楽の盤渉調からヒントを得て古今調子と呼ばれる調弦法を考案し、この調弦法による「千鳥の曲」、「春の曲」、「夏の曲」、「秋の曲」、「冬の曲」を作曲した。このころから、箏曲は三弦音楽から独立して新たに独自の発展を遂げていくことになる。なお、吉沢検校による革新的な古今調子の考案や、それに基づく作曲は、箏本来の曲を目指したこと、曲の歌詞などに古今集の和歌を多用したことなどから、復古主義と呼ばれることもある。
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明治時代に入り、箏曲の地歌からの独立は進み、寺島花野の「新高砂」など、「明治新曲」と呼ばれる、箏のみの曲が多く作られていく。ただし楽曲形式的にはほとんど地歌の手事物の踏襲であり、またこの時代でも、三味線と箏のための曲も引き続き作られてはいる。さらに、大正・昭和の時代になって宮城道雄が伝統に根ざし、西洋音楽などの影響も受けた新たな曲を多数発表した。主なものとして尺八との合奏曲である「春の海」がある。また宮城は、チェロ並みの低音域を持つ十七弦箏（通常の箏は十三弦）や八十弦箏を開発した。このうち十七弦箏は、邦楽合奏における低音楽器として現在でも広く使われ、独奏曲も生まれている。 ことに大正末から昭和10年代にかけ、新しい作曲運動が大きな盛り上がりを見せ、宮城の他にも久本玄智、中村双葉、町田嘉声、中能島欣一、高森高山らにより、新しい形式、編成、作曲法による新曲がおびただしく作られた。これらを「新日本音楽」と呼ぶ。